基因组非编码区域以及非编码RNA在干细胞分化和疾病中的功能和机理，并通过基因组的设计构建解析非编码基因组功能。
马晴，中国科学院深圳先进技术研究院研究员。北京大学生命科学学士，美国约翰霍普金斯大学细胞分子生物学博士，美国斯坦福大学医学院博士后。研究成果以第一作者发表在Developmental Cell、eLife、Development等国际专业期刊。
主要科研成果：前期主要通过开发和利用遗传学、基因组学等技术方法，研究非编码RNA的生物学功能，取得了一系列重要突破。首次发现成年的体细胞干细胞性别转化现象，为生殖系统以及其他肿瘤发生提供了新机制。鉴定了多个在自闭症中作用的新的长非编码RNA，并发明了为非编码RNA进行功能分类的新方法。研究成果近五年内以第一作者或共同第一作者发表在Developmental Cell、Development、Genome Biology和Elife等国际著名杂志。其中关于干细胞性别调控的工作被Developmental Cell选为封面文章，受到了Cell，Nature Review Genetics等杂志，和Science News, AAAS, Science Daily 等多家知名学术媒体报道评论。获得过约翰霍普金斯大学的Lewis奖、杰出研究生会议奖、杰出青年科学家奖和斯坦福大学院长博士后基金等多个奖项。
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论文发表节选：
Ang CE#, Ma Q#, Wapinski O#, Fan S, Flynn R, Coe B, Onoguchi M, Do B, Dukes-Rimsky L, Xu J, Lee Q, Wang L, Eichler E, Penninger J, Eichler EE, Srivastava A, Wernig M*, Chang HY*. The novel lncRNA lnc-NR2F1 is pro-neurogenic and mutated in human neurodevelopmental disorders, Elife, 2019, 8: e41770. (highlighted by Elife，#co-first authors)
Fang J#, Ma Q#, Li L, Chu C, Batista P, Li R, Qu K*, Chang HY*, PIRCh-seq: functional classification of non-coding RNAs associated with distinct histone modifications (accepted by Genome Biology，#co-first authors)
Ma Q, Chang HY. Single-cell profiling of lncRNAs in the developing human brain, Genome Biology, 2016, 17(1): 68.
Ma Q, de Cuevas M, Matunis E. Chinmo is sufficient to induce male fate in somatic cells of the adult Drosophila ovary, Development, 2016, 143(5): 754-763.
Ma Q, Wawersik M, Matunis E. The Jak-STAT target Chinmo prevents sex transformation of adult stem cells in the Drosophila testis niche, Developmental Cell, 2014, 31: 474-486. (Cover article, highlighted by Nature Review Genetics, Developmental Cell and Biology of Reproduction.)